Joachim Bauer studierte Geschichte und Germanistik an der Friedrich-Schiller-Universität Jena und habilitierte dort 2009. Er ist Leiter des Universitätsarchivs. Bauer veröffentlichte zahlreiche Publikationen zur Universitäts- und Studentengeschichte, Reformationsgeschichte und Geschichte der Geheimgesellschaften im 18. Jahrhundert.